近年来，漳州河长办创新司法合作，探索建立市、县两级河长制司法联动机制，与公、检、法、司四部门全面协作配合，开展联合执法，提升生态环境治理成效，共同守护“漳州绿”。
去年年底，东山法院在一起污染环境案中，发出全国首份“水质净化令”。在生态环境技术调查官及技术服务受托方的指导下，黎某某在污染水塘里，种植大薸等植物1000余株，同时布置20平方米生态浮床种植美人蕉，并在岸边种植菖蒲，以吸收六价铬等重金属，净化水质。该项在全国首创的生态环境技术调查官制度，得益于漳州探索形成的“就地修复-跟踪指导—纠正偏差—验收评估”的生态修复闭环管理模式，对于建立刑事惩治、民事赔偿与生态补偿有机衔接的环境修复责任制度具有示范、借鉴和教育作用，为生态修复多样化提供新样本。
为有效破解受损环境修复难题，漳州市在全省首创市人民法院河长制生态环境审判巡回法庭（现更名为法院驻河长办法官工作室），由法院与河长办合力开展水域生态修复工作。其中首创“增殖放流”江河修复模式、“引流冲污”溪流修复模式、“海砂回填”海洋修复模式入选全省“十种修复方式”。2021年，市中级人民法院获得了水利部“全面推行河长制湖长制工作先进集体”称号。
此外，漳州还在市、县两级设立了检察院驻河长制办公室联络室，通过信息共享、线索双向移送、提前介入、行政执法履职监督等形式开展合作；全面建立“河道警长制”，由“河道警长”协助河长开展河流沿岸等重点区域和重点部位联合巡查，从严查处涉及环境污染方面的犯罪活动。
